В составе Xubuntu имеется отличный редактор меню MenuLibre. Однако он не позволяет редактировать те пункты меню, которые являются системными и, таким образом, ограничивает возможности кастомизации меню под свои нужды. Однако, возможность скрыть или иным образом изменить системные ярлыки существует. Предположим, мы хотим скрыть ярлык Firefox.

Нам необходимо сделать такие шаги:

1. Переходим в папку, где хранятся все системные ярлыки меню (а именно в /usr/share/applications). Сделать это можно непосредственно через терминал (Главное Меню - Система, Главное Меню - Инструменты, но чаще Эмулятор терминала уже добавлен в Избранное), командой
   
   cd /usr/share/applications
   
   Альтернативой этому способу является использование какого-нибудь файлового менеджера под рутом. Я для таких случаев использую мой любимый Krusader:
   
   sudo krusader
   
   и уже его средствами добираемся до нужной папки. Krusader хорош тем, что, находясь в нём под рутом, он меняет свою иконку и заголовок в качестве предупреждения. Тем не менее, после окончания операций лучше выйти их него и перезайти, но уже не под рутом.
2. В искомой папке мы видим все ярлыки в виде .desktop файлов. Находим среди них нужный (например, наш firefox.desktop) и редактируем его либо средствами запущенного файлового менеджера, либо через терминал:
   
   sudo mousepad firefox.desktop
3. В конце файла вставляем
   
   NoDisplay=true
   
   Сохраняемся и выходим. Теперь Firefox будет скрыт из нашего меню. Таким же обрахом можно редактировать и иные свойства .desktop файлов. Удачи!

Стянуто из https://xubuntu.wordpress.com/2006/08/04/howto-remove-menu-entries-from-the-system-menu/