Иногда в Xubuntu случается странное поведение: в MenuLibre мы делаем ярлык, потом удаляем его и в итоге в самом редакторе меню ярлыка нет, а в меню он есть. Чтобы это исправить, надо зайти в папку /home/<user>/.local/share/applications, отыскать этот ярлык и вручную отключить его, выставив в нём NoDisplay=true при редактировании текстовым редактором. Искомый ярлык будет среди тех, имя которых начинается на "menulibre-". Удачи!